In 1906 vinden we in Kapellen reeds een voetbalclub terug die luisterde naar de naam Victoria FC. Het waren spelers van deze club die later, na de obligate ruzie, samen met enkele Antwerpse studenten aan de basis lagen van Cappellen Football Club. Over het exacte stichtingsjaar lopen de bronnen uiteen: van 1906 tot 1909, het jaar waaruit de eerste statuten dateren. Wel zeker is dat de vereniging zich op 1 augustus 1910 aansloot bij de Belgische Voetbalbond en dat die aansluiting werd bevestigd op de Algemene Vergadering van de Bond van 19 februari 1911.
In zijn eerste seizoen verloor Cappellen maar één keer, en wel tegen het tweede elftal van Berchem Sport. De club verbleef lange tijd in de regionale afdelingen. Pas in 1926, toen een derde klasse werd gecreëerd, begon het nationale avontuur. De club had intussen een vast onderkomen gevonden in de René De Pauwstraat, waar nog steeds wordt gespeeld. In 1933 promoveerden de rood-gelen voor het eerst naar Eerste Afdeeling, de toenmalige tweede klasse. De mannen uit de Noorderkempen telden slechts één puntje meer dan AC Hemiksem en twee meer dan Sint-Niklaas, maar met hun doelpuntensaldo van +53 lieten ze de concurrentie ver achter zich.
Cappellen werd ingedeeld in de B-reeks waar het podium dat seizoen een volledig Antwerps onderonsje werd met Tubantia FC (3), Racing Borgerhout (2) en Berchem Sport als kampioen. Het volgende seizoen mocht men zich in Kapellen vergapen aan onder andere Anderlecht, AA Gent, FC Luik, Racing Tienen, Borgworm en Oude-God Sport. In 1936 boekte Cappellen, met een vierde plaats op slechts twee punten van de kampioen FC Turnhout, zijn beste resultaat ooit. Maar nog vóór het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog degradeerde de club opnieuw naar derde. In 1952 zakte de ploeg nog verder weg naar de nieuwe bevorderingsreeks, vierde klasse, en in het jaar van de Brusselse expo zelfs tot in provinciale.
In de jaren 1960 en ’70 liftten de Kapellenaars enkele keren tussen Bevordering en Eerste provinciale. Pas in 1989 konden ze opnieuw opklimmen naar vierde. De club kreeg nieuwe impulsen en steeg in 1991 meteen door naar derde. Daar eindigde Cappellen drie jaar na elkaar op de tweede plaats, eerst na Beerschot, daarna na Westerlo en in 1994 was Patro Eisden hen voor. Het jaar nadien was het wél prijs. De derde promotie in zeven jaar tijd met Beerschotlegende Stany Gzil – die ook één jaar aan het Rooi speelde – als trainer. Als adviseur hadden de rood-gelen niemand minder dan dat andere Beerschot-icoon Rik Coppens weten te strikken. Het nieuwe bestuur, met PVV-senator Jacky Buchmann wiens brillenmerk nog de shirts van de Mannekens sierde en ondernemer Jos Van Wellen, verhulde niet dat het hogerop wilde. Het maakte er een handelsmerk van om sterspelers op hun retour binnen te halen. Ton Blanker, Jurgen Cavens, Didier Dheedene, Dirk Goossens, Michel van de Korput, Darko Pivaljevic, Predrag Ristovic, Koen Schockaert, Cisse Severeyns zijn er maar enkelen uit een lange lijst.
In 1995 kwam dan ook wat niet langer kon uitblijven: de titel in derde klasse. Na 39 jaar kon men zich in de René De Pauwstraat opnieuw opmaken voor tweedeklassevoetbal. Met de promotie volgden ook de plannen om samen met Germinal Ekeren één grote club te vormen in het noorden van Antwerpen. Het leek een logische stap, maar de fusieplannen werden gauw opgeborgen. De volledige tweede helft van de jaren 90 bracht Cappellen in tweede klasse door. Sinds 2000, op één seizoen Vierde Afdeling na (2011-12), speelde de club uit de noordrand onafgebroken in Derde Afdeling. In 2015 werd rood-geel overtuigend kampioen in Derde Klasse B, de reeks waarin ook Berchem Sport aantrad. De club ging echter niet voor de licentie, maar had daar achteraf al gauw spijt van toen de KBVB de licentienormen aanpaste. Het gros van de kampioenenploeg had intussen al elders getekend. Daarna bleven de sportieve resultaten wat uit, maar in het seizoen 2019-20 ging men opnieuw voluit voor de titel. Die kwam er, met enige vertraging, in 2023. Hierdoor speelde Cappellen de voorbije twee seizoenen in 1e Nationale Amateurs, waar het in zijn eerste seizoen laatste eindigde, maar niet degradeerde door de stopzeting van Sint-Eloois-Winkel Sport. Vorig seizoen konden zij de degradatie echter niet afwenden.
