Zoals in veel dorpen en steden in de provincie lag ook in Turnhout de plaatselijke parochieherder aan de basis van de eerste voetbalactiviteit. Pastoorke Janssens kocht in 1907 zelf de grond waarop de ploegjes Excelsior en Ons Vermaak hun eerste wedstrijden speelden. Pas vijf jaar later, in 1912, bundelen de leden van die ploegjes hun krachten en richten ze een echte voetbalclub op: Turnhout Sport. In de chaos van de Eerste Wereldoorlog was de BVB de aansluitingsdocumenten van deze
club echter kwijtgeraakt, waardoor de vereniging, enkele fusies verder en inmiddels omgedoopt tot Football Club Turnhout, zich in 1921 opnieuw moest aansluiten.
In 1925 promoveerden de Kempenaars naar Bevordering, de toenmalige tweede klasse. Zes jaar later werd FC Turnhout de eerste Kempense club die naar de hoogste afdeling promoveerde. Lang duurde dat verblijf niet, want de club werd laatste en degradeerde na één seizoen. In 1936 zou het nog een keer promoveren, opnieuw voor één seizoen. Publiekslieveling bij de blauwwitten in die dagen was doelman Swat Engelen, die tussen 1924 en 1939 meer dan 500 wedstrijden speelde in het eerste elftal en niet vies was van een practical joke op zijn tijd. Zo zetten hij zich ooit, in een wedstrijd die zich grotendeels aan de overkant van het terrein afspeelde, op een stoel in zijn doel, tot hij hiervoor van de scheidsrechter een vermaning kreeg.
FC Turnhout bleef wel een vaste waarde in tweede klasse, waar het enkele malen kortstondig concurrentie kreeg van stadsgenoten. Maar noch H.I.H. Turnhout noch Racing Turnhout konden de positie van FC Turnhout aan het wankelen brengen. In 1947 kregen de blauwwitten zelfs een modern stadion, het Villapark, wat in de Kempense hoofdstad voor heel wat deining zorgde, want de prestaties van de club bleven ver onder de verwachtingen en met de financiële toestand ging het zienderogen achteruit. In 1952 degradeerde de club zelfs voor het eerst naar Derde Klasse, waaruit het pas in 1960 weer kon opklimmen. Drie jaar later slaagde ze er wel voor de derde keer in op weer naar Eerste Klasse te promoveren. Onverwacht, want FC Turnhout was pas als derde geëindigd, maar omdat THOR Waterschei, de tweede in de stand, van omkoping was beschuldigd, mocht het de plaats van de Limburgers innemen. Turnhout speelde een flinke heenronde, maar zakte daarna weg tot de 14de plaats, net boven de degradatiezone. Maar het bizarre einde van het vorige seizoen herhaalde zich. Deze keer werd Turnhout zelf van omkoping beschuldigd. De club degradeerde, uitgerekend in de plaats van Berchem Sport, alweer na één jaar uit de hoogste afdeling en twee jaar later zelfs opnieuw naar Derde.
De volgende decennia zou FC Turnhout nog enkele malen liften tussen Tweede en Derde klasse. Tijdens de jaren ’90 flirtte het zelfs enkele malen met een nieuwe terugkeer naar het hoogste niveau met verschillende eindrondedeelnames. In 2001 kreeg de club echter geen licentie en zakte, ondanks een tweede plaats, naar Derde Klasse. Maar nog was het ergste leed niet geleden. FC Turnhout ging in vereffening en degradeerde een jaar later zelfs naar Vierde Klasse.
Daar maakte de club een doorstart met een nieuw bestuur, een nieuw stadion in het Stadspark, nieuwe ambities en een nieuwe naam. KV Turnhout won vlot zijn reeks en kon na één seizoen zijn plaats in derde weer innemen. Het haalde zelfs met-een de eindronde voor Tweede Klasse, maar op een nieuwe promotie zou het uiteindelijk tot 2009 moeten wachten, nadat Wadi Degla, de Egyptische investeringsgroep die ook Lierse in handen had, de club een kapitaalsinjectie had gegeven. Het feit dat beide clubs in dezelfde reeks zouden uitkomen zorgde voor heel wat opschudding omwille van mogelijke belangenvermenging. De Egyptenaren trokken zich daarom terug uit de club, maar keerden in 2010 weer terug om een nakende nieuwe vereffening te voorkomen.
In 2011 werd onder de naam FC Turnhout met stamnummer 9563 een nieuwe club opgericht door mensen die niet meer tevreden waren met de gang van zaken. Dat nieuwe FC Turnhout werd drie keer op rij kampioen, terwijl het KV iets minder goed afging. In 2011 zakte de club opnieuw naar derde en begin 2013 verdrong een legertje Egyptische profvoetballers de toenmalige kernspelers en werd ook de Belgische staff opzij geschoven voor Egyptische trainers. De Egyptenaren konden op de laatste speeldag wel voor het behoud zorgen, maar uiteindelijk trok Wadi Degla zich in 2014 volledig uit Turnhout terug.
Ook de harde kern had de club inmiddels de rug toegekeerd en was naar het nieuwe FC Turnhout getrokken. In 2015 reikten beide clubs elkaar echter de hand en fuseerden tot KFC Turnhout. Stamnummer 9563 werd geschrapt. Via crowdfunding bouwde de club opnieuw budgetten op. Door de competitiehervorming kwam de fusieclub in Derde Amateur terecht, waar ze in 2017 kampioen werd. Vorig seizoen eindigde KFC Turnhout elfde in de Tweede Amateurreeks.
